電視動畫《科學超電磁炮S》改編自日本小說家鐮池和馬原作、漫畫家冬川基作畫的漫畫《科學超電磁炮》,亦是電視動畫《科學超電磁炮》的第2期動畫。原作漫畫是以輕小說《魔法禁書目錄》中的人物御阪美琴爲主人公而展開的故事,作爲動畫第二期的《科學超電磁炮S》則以漫畫版“妹妹篇”劇情爲主線 ,後半部則同第一期一樣爲原創劇情。 2012年10月20日,在千葉暮張中心舉辦的“電擊文庫 秋之祭典2012”活動中,製作方發佈了電視動畫《科學超電磁炮》的第2期作品《科學超電磁炮S》的製作決定 。電視動畫於2013年4月12日開始播放 ,全24話。OVA動畫《在公共浴室需要知道的重要事情(大事なことはぜんぶ銭湯に教わった)》隨公式視覺書於2014年3月27日同捆推出。