在歐洲德國一片森林的深處,鴻上基金會的研究小組解開了一個封印,八百年前,鍊金術師在這裡創造出了擁有神奇力量的金幣,由於金幣的力量太大而被封印這裡。爲了得到金幣,研究小組根據鴻上會長的指揮打開了鍊金術師封印的遺蹟。誰知封印打開後,歐洲森林和東京新宿突然對調,心中充滿願望和野心的鋼之鍊金術師卡拉(Gala)復活,四處搜尋核心硬幣企圖終結現有世界成爲新世界的主宰。 卡拉(Gala)奪取人們慾望這種力量讓很多地方發生時間、空間錯亂。有的地方回到恐龍時代,有的回到江戶時代,映司、比奈和現代少年駿一起穿越時空到了江戶時代,和德川八代將軍吉宗聯手與卡拉對抗希望挽救即將終結世界。